先收藏：2022年 eccDNA 研究成果现况汇总

定的规律形态的。有一些学术著作当限于归纳了成部份环残基临近的 motif 形态，从结果上来看，不存在一定的相似性。关于 eccDNA 成部份环残基临近的 motif 形态的具体结论还有待未来的信息分析有利阐明。

eccDNA 成部份环残基临近的 motif 形态

上方示意图来自“Identification and characterization of extrachromosomal circular DNA in maternal plasma”

正下方示意图来自 “Circle-Seq reveals genomic and disease-specific hallmarks in urinary cell-free extrachromosomal circular DNAs”

eccDNA的磷酸化内部份的特有种

eccDNA 虽然主要特有种于磷酸化核，但在磷酸化质限于也有辨认出。此部份，即使是在部份泌体、血浆、肾脏等磷酸化部份场所，也有 eccDNA 不存在（往往是相当大的部份环），这或许是因为 eccDNA 内部份环结构上相比之下稳定，在磷酸化部份也不易被降解。

eccDNA的导致

eccDNA 的导致程序，至今即便如此停留在一新理论阶段，没有国为际标准化民间组织的、公认的模型。现今的信息分析普遍相信，eccDNA 的导致与基因DNA的受损及复原密加系统性，因此，具体的 eccDNA 导致程序取决于基因 DNA 的受损牵涉到形式以及复原分析方例。下面介绍几种主流的 eccDNA 导致程序的一新理论：

1.双链撕裂（DSBs）一新理论

在同一条基因上，如果牵涉到临近双链撕裂，则脱落下来的一段 DNA 有或许在错配复原（Mismatch repair，全名MMR）或非同源末端复原（Nonhomologous end joining，全名NHEJ）程序依赖性下成部份环。多个相异系统性联的 DNA 图片也有或许导致嵌合的内部份环 DNA。大力支持这一假设的直接确凿证据，有 2018 年发表在Nulceic Acid Research 上的这篇学术著作，通过 CRISPR 极低效率在同一基因上而所制造临近双链撕裂，直接解析了 eccDNA 可由双链撕裂导致。

2.基因大块（Chromothripsis ）一新理论

在乳癌限于，大规模的DNA受损导致的基因大块，可以作为 eccDNA 的一个系统性联。基因大块涉及多个DNA双链撕裂，将整条基因碎片化。2020 年发表在 Nature 上的这篇学术著作相信，基因大块是乳癌限于 eccDNA 的主要系统性联。

3.撕裂-融合-桥上（breakage–fusion–bridge ，全名 BFB）一新理论

“撕裂-融合-桥上”循部份环始于一条基因的双链撕裂，使该基因失去了一个端粒蛋白酶。缺失端粒蛋白酶的基因末端可以融合导致一个拥有两个着丝粒的基因。到了减数分裂后期，双着丝粒基因将会被拉开，导致基因桥上，随后基因桥上撕裂，导致各种基因畸变，这其限于的转化就或许包被括 eccDNA。虽然限于期的信息分析者将 BFB 程序单列名一个 eccDNA 的导致程序，但近年来的信息分析倾向于相信 BFB 或许是通过基因大块来分解成 eccDNA 的。

eccDNA 导致程序的三类一新理论

示意图来自“Extrachromosomal circular DNA in cancer: history, current knowledge, and methods”

eccDNA的延续和特有种

1980年代的限于期信息分析标示出，eccDNA 或许在每次有丝分裂周期限于都会复制，但由于缺失着丝粒，所以很难在有丝分裂限于外匀特有种到姪磷酸化当限于。因此，这种不外匀的 eccDNA 调配，将赋予一之外姪磷酸化非常强的肉食动物和裂解战斗能力，给乳癌的发展共享丰富的或许性。已有多篇手抄本报导标示出，EGFR、MYC、MYCN 等系统性等位基因在仪器以及抗药性磷酸化仪器限于的 eccDNA 上普遍不存在。

2022 年发表在 Cancer Discovery 上的这篇学术著依赖性一种叫做 ecTag 的激光极低效率标有了 eccDNA 的成部份环残基，从而可以观察 eccDNA 的主观特有种，为 eccDNA 在有丝分裂时的不外匀调配共享了直接的物理确凿证据。

尽管如此，eccDNA 究竟是如何在磷酸化限于延续复制的，至今即便如此是一个很有争议的弊端。由于 eccDNA 大之外总长度较短，其上很或许缺失复制起点（ Replication origin），很难同步进行 DNA 复制。现今，兼修界还不清楚这些 eccDNA 技术水平的提极低是复制导入的结果还是因为 eccDNA 全人类分解成技术水平的提升。

eccDNA的定量归纳

现今，并无手抄本报导用到 qPCR 的模式来检测 eccDNA 的。然而，通过大部份有等位测序DNA（S）或单多态性归纳的晶片测试获取到的拷贝数异变（CNV），可以二者之间接反应 eccDNA 拷贝数的升极低。

eccDNA的已确定功能性

eccDNA 的全人类兼修功能性是极其丰富的。现今现在清楚的功能性至少有此表这些一般来说：

1.抗药性：例如赋予植物的抗除草剂战斗能力，或赋予磷酸化以耐受性化疗药的战斗能力。

2.功能性增强：例如，在肌肉当限于，成分 TTN 等位基因的 eccDNA 的强调技术水平持续上升，或许可以强调非常多的肌联蛋白（titin）。

3.于是又生：在细菌、大鼠以及果蝇的信息分析限于都有辨认出，eccDNA 随着年龄的增加而积累；然而，在全人类气磷酸化当限于，eccDNA 的却与年龄不存在相反的关联关连，在眼中仪器当限于反而很强很很低的 eccDNA 。因此，eccDNA 与于是又生之二者之间的关连还有待有利信息分析和概括。

4.延续等位测序耐用性：有一类特殊的 eccDNA 很强安全及端粒蛋白酶耐用性的功能性，即“t-circle”。

5.免疫功能性：eccDNA 或许因为其平直的内部份环空二者之间结构上（而非遗传物质数列形态），而充分发挥驱使非同免疫的依赖性。云序全人类对此项信息分析同步进行过简要解读，其他用户链接即可发送给。

6.磷酸化二者之间点对点：由于 eccDNA 内部份环结构上的耐用性，所以 eccDNA 在血浆、部份泌体等磷酸化二者之间结构上限于广泛不存在，有或许通过磷酸化于是又摄入而充分发挥磷酸化二者之间点对点的依赖性。

可以想象，eccDNA 还有很多全人类兼修功能性待有利辨认出和概括。

eccDNA信息分析工程建设如何非常上一层楼

囿于现今信息分析方例的限制，我们这不能原则上对 eccDNA 同步进行类似于等位测序 DNA 那样的等位基因敲除/敲降处理方式，也很难针对单个的 eccDNA 同步进行过强调物理。因此，eccDNA 的信息分析工程建设，在顺利同步进行了 eccDNA DNA物理后，确实很难有利开展分姪程序的信息分析。

然而，我们还是有办例在 eccDNA 谱的细化，非常上一层楼认真一些进阶的信息分析的。相似的初衷是均会兼修倡议归纳，例如 eccDNA-mRNA 倡议归纳、eccDNA-miRNA 倡议归纳 、eccDNA-RNA m6A 润色倡议归纳、eccDNA-S 倡议归纳等。

eccDNA-mRNA 倡议归纳近来

示意图来自“Encoding gene RAB3B exists in linear chromosomal and circular extrachromosomal DNA and contributes to cisplatin resistance of hypopharyngeal squamous cell carcinoma via inducing autophagy”

此部份，针对 eccDNA 上的 5mC 突变润色，我们还能开展内部份环DNA突变DNA， 在的共享 eccDNA 谱的细化额部份借助单胺基酸气度的突变润色监测。该方案借助于蛋白酶兼修分析方例借助 C 到 T 的温和转化，并存留 5mC 润色的胺基酸不变，从而在 eccDNA DNA的细化额部份给出 eccDNA 突变的信息，借助一箭双雕的功效。

相异总长度的 eccDNA 的相比之下丰都及突变润色技术水有种示意图

示意图来自“Characteristics of Fetal Extrachromosomal Circular DNA in Maternal Plasma: Methylation Status and Clearance”

此部份，也有兼修者通过 eccDNA 结构上疏松的特色，借助于 ATAC-seq 极低效率借助了对 eccDNA 的监测。该方案无需对 eccDNA 同步进行滚部份环导入，或许有利能避免相异体积 eccDNA 滚部份环导入效率相异所带来的定量差异。

借助于 ATAC-seq 极低效率借助对 eccDNA 的监测

示意图来自“ATAC-Seq-based Identification of Extrachromosomal Circular DNA in Mammalian Cells and Its Validation Using Inverse PCR and FISH”

无论如何，通过极低通量DNA物理找出少数几个有意思的 eccDNA 后，我们还需对其同步进行很低通量的解析物理，以保证该 eccDNA 在仪器当限于的主观不存在。相似的 eccDNA 解析物理分析方例有针对成部份环残基的 qPCR（Inverse qPCR 或 Outward-facing qPCR）和Sanger DNA。

通过 Sanger DNA和 PCR 解析 eccDNA 成部份环残基的主观性

示意图来自“Encoding gene RAB3B exists in linear chromosomal and circular extrachromosomal DNA and contributes to cisplatin resistance of hypopharyngeal squamous cell carcinoma via inducing autophagy”

总之，虽然现今 eccDNA 的信息分析方例比起受限，但即便如此可以融合其他物理分析方例，后下广 eccDNA 信息分析项最终目标广度。均会兼修倡议归纳、eccDNA 自身的突变信息分析、eccDNA 解析是现今相似的一般来说后下广信息分析初衷。

云序全人类eccDNADNA

云序全人类是欧美国为家最晚共享内部份环DNADNA免费的的公司，晚在2018年已重新启动了内部份环DNADNA极低效率的技术开发。2019年，云序年末发行了民间组织磷酸化内部份环 DNA DNA（circle-seq），并成为AWildA Bio独家代理（该商品的内部份环 DNA 提纯双柱被绝大之外内部份环DNA极低分评论选用）。2020年，云序又相继发行了肺脏仪器内部份环DNADNA及肺脏仪器内部份环DNA突变DNA，外为大部份有国为日和，并成为欧美国为家内部份环DNA苹果电脑最大部份有的DNA的公司。迄今为止，我们现在顺利同步进行上千例仪器的内部份环DNADNA，积累了丰富的工程建设经验，仪器一般来说涵盖：民间组织﹑磷酸化﹑果蝇﹑血浆﹑肾脏等，物种涵盖：人﹑果蝇﹑大鼠﹑拟南芥﹑大鼠﹑细菌﹑非洲爪蟾等。2021年，云序全人类的买家年末发表欧美国为家年初 eccDNA 信息分析学术著作，其限于非常有发表于 Nature Communications 上的极低分信息分析。

云序全人类eccDNA系统性商品

民间组织磷酸化内部份环 DNA DNA

肺脏仪器内部份环DNA DNA

肺脏仪器内部份环DNA 突变DNA

内部份环DNA Sanger DNA解析

AWildA Biotechnology 内部份环DNA 提纯双柱

1.民间组织磷酸化内部份环DNADNA

云序全人类基于circle-seq的分析方例，选用多种方例包被括双柱提纯添加等位测序DNA、蛋白酶消化添加线性DNA和磷酸化DNA、滚部份环导入扫描接收器，极低效地提纯和非金属内部份环DNA，于是又借助于NGSDNA和生信归纳识别内部份环DNA。融合优化的物理报表，本内部份环DNADNA免费很强掺入率极低﹑准确性好等灵活性。

极低效率劣势：

用到原装AWildA biotechnology提纯双柱极低效非金属内部份环DNA 滚部份环导入扫描内部份环DNA接收器，提极低掺入率 管理学的生信归纳：精辟的注释、丰富的范例

云序全人类eccDNADNA物理示意示意图

2.肺脏仪器内部份环DNADNA

针对果蝇、血浆、肾脏、脑脊液等微量的肺脏仪器，云序全人类参看卢煜明任教制作组技术开发的分析方例，蛋白酶加添加线性DNA后，借助于Tn5转座蛋白酶，打开eccDNA内部份环结构上并同时在DNA图片末端受制于连接器，同步进行建库及DNA。Tn5转座蛋白酶例效率极低，损耗很低，借助血浆循部份环系统限于微量的内部份环DNA的监测。并且本商品能存留内部份环DNA的原始强调量，使得相异内部份环DNA二者之间的强调量的比起非常为准确。

极低效率劣势：

减少DNA损失 存留原始强调量，相异内部份环DNA二者之间强调量比起非常准确

3.肺脏仪器内部份环DNA突变DNA

针对果蝇、血浆、肾脏、脑脊液等微量的肺脏仪器，云序参看卢煜明任教制作组今年研发的分析方例，蛋白酶加添加线性DNA后，借助于Tn5转座蛋白酶，打开内部份环DNA内部份环结构上并同时在DNA图片末端受制于连接器，还用蛋白酶转化例将未突变的C转化为U，同步进行建库及DNA。一次建库DNA限于同时监测仪器限于内部份环DNA及其突变残基的信息。

极低效率劣势：

一箭双雕：同时监测内部份环DNA及其突变状况，减省仪器，性价比极低

单胺基酸判断的内部份环DNA突变归纳

4.内部份环DNA sangerDNA

针对DNA工程建设限于挑选出出的内部份环DNA，云序共享sangerDNA免费解析内部份环结构上。其主要最终目标在于：为用户共享一种很极低质量的扩大仪器量解析方例，减省物理成本。通过设计反向引物同步进行PCR导入，将遮盖内部份环DNA连接残基的导入转化同步进行sangerDNA，解析连接残基处数列。

5.AWildA Biotechnology 内部份环 DNA 提纯双柱

AWildA Biotechnology的提纯双柱，是绝大之外内部份环DNA极低分评论限于所用到的提纯双柱。云序全人类是该商品在欧美国为家的唯一总代理。

-- 云序全人类免费劣势 --

劣势一：欧美国为家数家共享内部份环DNADNA免费和内部份环DNA突变DNA的的公司，同时也是数家有买家发表 10 分以上 eccDNA 学术著作的的公司。

劣势二：内部份环DNA系统性免费苹果电脑最大部份有的的公司。

劣势三： AWildA Biotechnology 总代理，选用原装AWildA Bio提纯双柱，内部份环DNA 提纯功效好。

劣势四：一站式免费：您只需按照送样要求向云序全人类递送仪器，我们就能为您顺利同步进行从内部份环DNA 提取，月号制备，上机DNA到信息归纳整套免费报表。

劣势五：规范质控报表：云序全人类质控报表规范，层层保证安全，为买家共享极低灵敏度的结果。

劣势六：管理学化全人类信息归纳：云序全人类弱小全人类信息制作组，满足买家既有信息归纳要求。

往期eccDNA主题回顾

福利包被 | 一文看遍 2021 年 eccDNA 信息分析气华

又一篇！云序circle-seq助力内部份环DNA在食管鳞癌当限于的首次信息分析

Nature一新辨认出—斯坦福大兼修说明了磷酸化内ecDNA一新程序！

欧美国为家首篇，15分！云序circle-seq助力欧美国为家首篇10分以上内部份环DNA信息分析

哈佛+Nature | 半个世纪的等待：eccDNA 三大关键弊端解答大部份有入围！

连发 Nature、Cell，一新型癌等位基因-基因部份内部份环 DNA 及监测极低效率详解

NIPT创始者卢煜明集为基因部份内部份环 DNA 突变

大部份有国为日和云序于是又后下eccDNA都于系列商品：eccDNA突变DNA！

Cancer Cell信息分析一新进展：eccDNA诱导癌等位基因转录斯坦福大兼修最一新信息分析——磷酸化限于ecDNA最一新程序

Nature都于一新星——eccDNA的物种辨认出史

国为连续分析热点—eccDNA的前世前世

eccDNA一新型全人类一个大，卢煜明制作组最一新都于非常有利！

于是又登Nature Genetics：ecDNA与致癌等位基因导入及多种乳癌不良预后系统性

Nature Genetics 说明了eccDNA一新功能性—液压神经母磷酸化瘤等位测序重排

10分评论利器——eccDNA科研一新热点

颠覆性辨认出：癌等位基因之外基因上——内部份环DNA连登Nature，Cell!

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